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【標(biāo)準(zhǔn)·方案·指南】全基因組測(cè)序在遺傳病檢測(cè)中的臨床應(yīng)用專家共識(shí)

2019-07-04 16:59:53 admin 4812

2019-07-02 中華兒科雜志

作者:中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)醫(yī)學(xué)遺傳醫(yī)師分會(huì) 中華醫(yī)學(xué)會(huì)兒科學(xué)分會(huì)內(nèi)分泌遺傳代謝學(xué)組 中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)青春期醫(yī)學(xué)專業(yè)委員會(huì)臨床遺傳學(xué)組 上海市醫(yī)學(xué)會(huì)分子診斷??品謺?huì)

遺傳病是指由于基因或基因組的結(jié)構(gòu)或功能改變所導(dǎo)致的疾病。下一代測(cè)序(next-generation sequencing,NGS)是遺傳病檢測(cè)領(lǐng)域的一項(xiàng)革新性技術(shù)。近年來靶向測(cè)序和全外顯子組測(cè)序(whole exome sequencing,WES)得到廣泛認(rèn)可,逐漸成為輔助醫(yī)生進(jìn)行遺傳病診斷的重要工具。這些檢測(cè)手段盡管有效,仍然存在一些技術(shù)限制,特別是在檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異(structural variations,SV)等方面。全基因組測(cè)序(whole genome sequencing,WGS)有望進(jìn)一步提升臨床遺傳檢測(cè)的效能。WGS對(duì)受檢者基因組中的全部DNA序列進(jìn)行檢測(cè),較WES所覆蓋的區(qū)域更廣,不僅覆蓋了幾乎全部基因的外顯子序列,也覆蓋了內(nèi)含子序列和基因間序列?,F(xiàn)在認(rèn)為WGS可有效避免在對(duì)相關(guān)基因組區(qū)域進(jìn)行靶向富集時(shí)產(chǎn)生的技術(shù)偏差,不僅可以檢出單核苷酸變異(single nucleotide variations,SNV),還可以對(duì)SV進(jìn)行分析,并常規(guī)性地對(duì)線粒體基因組(mitochondrial genome DNA,mtDNA)變異進(jìn)行分析。同時(shí)其操作步驟相對(duì)簡(jiǎn)化,能更加快速地獲得更完整的基因組信息。因此,WGS應(yīng)用于臨床遺傳診斷有望提高診斷率,縮短診斷流程,節(jié)省時(shí)間及降低診療費(fèi)用。

由于WGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)涉及受檢者的幾乎全部遺傳信息,其應(yīng)用于臨床遺傳病檢測(cè)需遵循醫(yī)學(xué)倫理中的自愿、患者受益、不傷害和公平原則。為了實(shí)現(xiàn)其應(yīng)有的臨床意義,并妥善處理檢測(cè)可能帶來的復(fù)雜遺傳咨詢問題,本共識(shí)列出了WGS作為遺傳病診斷檢測(cè)手段的關(guān)鍵特征,并在檢測(cè)申請(qǐng)、檢測(cè)及分析流程、報(bào)告及遺傳咨詢等方面給出建議,但其實(shí)施流程及效能驗(yàn)證的具體步驟不在本共識(shí)的涵蓋范圍。本共識(shí)適用于以NGS技術(shù)為主的高覆蓋度WGS(通常>40X)在遺傳病臨床診斷性檢測(cè)中的應(yīng)用,主要針對(duì)符合孟德爾遺傳規(guī)律的基因或基因組疾病。對(duì)于WGS在預(yù)測(cè)性檢測(cè)、篩查等場(chǎng)景中的應(yīng)用,不在本共識(shí)的討論范疇。

一、送檢目的及臨床適應(yīng)證

1.送檢目的:

本共識(shí)認(rèn)為WGS可用于以下送檢目的,(1)臨床診斷不明但懷疑為遺傳病的患者,通過WGS尋求相關(guān)的分子診斷和鑒別診斷;(2)臨床診斷明確的遺傳病患者,為進(jìn)一步指導(dǎo)治療或生育尋求分子水平的確診。

2.臨床適應(yīng)證:

WGS適用于懷疑遺傳病是患者全部或部分癥狀原因的所有情況。(1)推薦WGS,①高度懷疑患者有遺傳病的可能(如臨床癥狀、體征和其他檢測(cè)結(jié)果提示,家族史陽(yáng)性或近親結(jié)婚家系),但先前經(jīng)過如染色體核型、微陣列芯片或全外顯子組測(cè)序等一種或多種遺傳學(xué)檢測(cè)未獲得明確的分子診斷;②患者表型為非特異性[不明原因的智力落后和(或)發(fā)育遲緩、非已知綜合征的多發(fā)畸形等]或臨床診斷明確但目標(biāo)疾病遺傳異質(zhì)性高(先天性白內(nèi)障、腓骨肌萎縮癥、腦白質(zhì)病等),為獲得時(shí)間或經(jīng)濟(jì)效益而尋求一次性、全面性的遺傳學(xué)檢測(cè)(新生兒重癥患兒等)。(2)可使用WGS,但應(yīng)結(jié)合具體情況選擇優(yōu)先的檢測(cè)方法:目標(biāo)疾病遺傳異質(zhì)性低,雖已有公認(rèn)的靶向檢測(cè)方法,但有可能部分致病變異(非編碼區(qū)變異等)不在靶向檢測(cè)的范圍(神經(jīng)纖維瘤1型等)。(3)不推薦使用WGS,①目標(biāo)疾病致病基因的相當(dāng)一部分變異類型不在WGS檢測(cè)范圍,例如Beckwith-Wiedemann綜合征等基因印跡疾病;②目標(biāo)疾病致病基因存在同源區(qū)域等情況,如先天性腎上腺皮質(zhì)增生(CYP21A2基因相關(guān))等。

二、檢測(cè)前咨詢

1.遺傳咨詢的必要性:

受檢者在進(jìn)行WGS前,原則上應(yīng)由接受過醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)培訓(xùn)的臨床醫(yī)生(含繼續(xù)教育)或遺傳咨詢師進(jìn)行遺傳咨詢以明確檢測(cè)目的,了解檢測(cè)方法及其局限性,知曉預(yù)期結(jié)果和可能的風(fēng)險(xiǎn),并知悉數(shù)據(jù)及樣本的相關(guān)處理。

2.檢測(cè)前遺傳咨詢及知情同意的內(nèi)容:

在WGS檢測(cè)前進(jìn)行遺傳咨詢有助于受檢者充分知情,建議以書面的形式獲得受檢者或其監(jiān)護(hù)人簽署的知情同意書。遺傳咨詢及知情同意的內(nèi)容應(yīng)包括:(1)送檢的目的及意義;(2)檢測(cè)方法、周期及局限性;(3)預(yù)期結(jié)果及可能的風(fēng)險(xiǎn):檢測(cè)結(jié)果可能為陽(yáng)性,即在與受檢者表型相關(guān)的基因中找到致病性變異;陰性,即未發(fā)現(xiàn)與受檢者表型相關(guān)的致病性變異;或結(jié)果不確定,即在與受檢者表型相關(guān)的基因中找到意義不明的變異,或在與受檢者表型可能相關(guān)但是不確定的基因中找到致病性變異。受檢者應(yīng)知悉次要發(fā)現(xiàn)的可能及其意義和風(fēng)險(xiǎn),確認(rèn)"不知權(quán)"。檢測(cè)過程中及知曉結(jié)果后,受檢者可能會(huì)出現(xiàn)不同程度的精神壓力和心理負(fù)擔(dān);(4)數(shù)據(jù)及樣本處理的相關(guān)規(guī)則;(5)數(shù)據(jù)再分析的可能性。

三、檢測(cè)流程

1.信息和樣本采集:

檢測(cè)前應(yīng)收集盡可能詳細(xì)的表型信息。表型信息包括臨床癥狀、體征、實(shí)驗(yàn)室檢查、病理檢查和影像學(xué)及其他檢查結(jié)果等。建議使用人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)(human phenotype ontology,HPO)或中文人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)(China human phenotype ontology,CHPO)等統(tǒng)一術(shù)語(yǔ)。家族史信息收集建議達(dá)到三代或三代以上,對(duì)于家族史陽(yáng)性的,應(yīng)詳細(xì)記錄每個(gè)患者的表型信息,含發(fā)病年齡、輕重程度等。臨床醫(yī)生與實(shí)驗(yàn)室和受檢者溝通后,可以在缺乏部分輔助檢測(cè)結(jié)果的情況下先提供WGS檢測(cè),然后在結(jié)果分析時(shí)或分析后針對(duì)性地對(duì)患者進(jìn)行檢查。樣本采集應(yīng)按實(shí)驗(yàn)室要求,采集含基因組DNA的生物樣本,包括但不限于全血、組織、培養(yǎng)的細(xì)胞等。

2.標(biāo)準(zhǔn)操作程序(standard operating procedure,SOP)的建立及檢測(cè)性能確認(rèn):

檢測(cè)機(jī)構(gòu)需建立符合相關(guān)規(guī)定的SOP。此SOP需對(duì)每一個(gè)環(huán)節(jié)的質(zhì)控和操作關(guān)鍵參數(shù)有明確界定。檢測(cè)性能確認(rèn)時(shí)建議采用國(guó)際通用的標(biāo)準(zhǔn)樣本,以已確認(rèn)的變異為對(duì)象,分析界定其對(duì)不同變異類型的敏感性、特異性,并對(duì)檢測(cè)性能的穩(wěn)定可靠性做批間、批內(nèi)的差異分析,界定可接受和可報(bào)告的范圍。應(yīng)遵循SOP進(jìn)行檢測(cè)及質(zhì)控。操作流程中的重要成分或處理方法有改變時(shí)應(yīng)對(duì)檢測(cè)性能進(jìn)行再次確認(rèn),并記錄與原SOP的主要差別和改進(jìn)。實(shí)驗(yàn)室SOP及其性能確認(rèn)報(bào)告應(yīng)為含有效期和版本號(hào)的書面文本,以備培訓(xùn)、操作時(shí)參閱和檢查時(shí)展示遞交。

3.確認(rèn)性實(shí)驗(yàn):

用于診斷目的的變異檢測(cè)結(jié)果,建議經(jīng)過確認(rèn)性實(shí)驗(yàn)后報(bào)出。確認(rèn)性實(shí)驗(yàn)?zāi)康囊粸榕懦龢悠坊煜热藶殄e(cuò)誤,二為排除變異的假陽(yáng)性。(1)樣本真實(shí)性的追蹤及確認(rèn)。為了排除樣本混淆的風(fēng)險(xiǎn),實(shí)驗(yàn)室應(yīng)建立樣本追蹤方案,如通過單核苷酸多態(tài)性(SNP指紋圖譜)來確認(rèn)送檢樣本與數(shù)據(jù)相符。(2)用于診斷目的的變異確認(rèn)。對(duì)于SNV、拷貝數(shù)變異、SV和mtDNA變異,可以根據(jù)涉及變異的位置和特性選擇適合的方法進(jìn)行確認(rèn),如Sanger測(cè)序確認(rèn)SNV、微陣列芯片或多重連接探針技術(shù)等確認(rèn)拷貝數(shù)變異、核型分析和熒光原位雜交等確認(rèn)SV、特異性高的mtDNA檢測(cè)確認(rèn)線粒體基因組變異。對(duì)變異進(jìn)行確認(rèn)性實(shí)驗(yàn)時(shí),應(yīng)考慮到不同方法間靈敏度的差異,如WGS可檢出等位基因頻率占比低的嵌合性變異,但此類變異可能無法通過Sanger測(cè)序檢出及確認(rèn)。(3)對(duì)新發(fā)變異應(yīng)通過父母親源關(guān)系檢測(cè)確認(rèn)。

4.檢測(cè)的局限性:

WGS檢測(cè)的局限性主要包括,(1)涉及高度重復(fù)或同源的基因組區(qū)域的檢測(cè)及分析可能不準(zhǔn)確。在染色體著絲粒DNA、著絲粒旁的異染色質(zhì)、端粒、亞端粒區(qū)間或線粒體基因組等高度重復(fù)或同源的區(qū)間,較短的讀長(zhǎng)在與參考基因組進(jìn)行比對(duì)時(shí)可能存在不唯一性。這些區(qū)域還存在活躍的重組,也會(huì)增加比對(duì)難度。臨床常見的與高度重復(fù)或同源基因或基因組相關(guān)疾病包括耳聾(STRC基因相關(guān)),先天性腎上腺皮質(zhì)增生(CYP21A2基因相關(guān)),Lynch綜合征(PMS2基因相關(guān))等。(2)對(duì)于mtDNA變異識(shí)別存在局限性,需用特異性高的mtDNA檢測(cè)方法進(jìn)行驗(yàn)證。原因是線粒體基因組變異有雜質(zhì)性的特點(diǎn)。準(zhǔn)確區(qū)分同質(zhì)性和雜質(zhì)性,以及測(cè)定雜質(zhì)性的水平對(duì)于線粒體基因組變異的分類有非常重要的意義。由于線粒體基因組存在大量與核基因同源的序列,WGS測(cè)序可能出現(xiàn)mtDNA變異假陽(yáng)性、不能準(zhǔn)確區(qū)分同質(zhì)性和雜質(zhì)性以及不能對(duì)雜質(zhì)性進(jìn)行準(zhǔn)確定量的情況。(3)人類基因組參考序列僅來源于有限個(gè)體,部分基因組區(qū)域還存在參考序列的誤差和空白間隙,變異識(shí)別可能出現(xiàn)假陽(yáng)性和假陰性。(4)鳥嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine,GC)占比高區(qū)域的覆蓋可能不完全。WGS的覆蓋均一性雖較捕獲測(cè)序有顯著改善,但由于基因組構(gòu)型的復(fù)雜性,高GC含量區(qū)域的變異評(píng)估應(yīng)謹(jǐn)慎。(5)部分變異類型,如環(huán)狀染色體等復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異,WGS的檢出率及準(zhǔn)確性仍有待進(jìn)一步的確認(rèn)。

值得一提的是,上述討論的局限性并非一成不變,由于技術(shù)及算法的改進(jìn),這些局限性相關(guān)的問題在將來可能得到解決,例如某些涉及高度同源基因的疾病已有通過NGS方法進(jìn)行檢測(cè)的文獻(xiàn)報(bào)道。

四、檢測(cè)報(bào)告

檢測(cè)報(bào)告是其在臨床應(yīng)用的重要依據(jù)。建議檢測(cè)機(jī)構(gòu)參照2018年2月發(fā)表的"臨床基因檢測(cè)報(bào)告規(guī)范與基因檢測(cè)行業(yè)共識(shí)探討",出具符合行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范的檢測(cè)報(bào)告。

1.報(bào)告發(fā)放的對(duì)象:

建議檢測(cè)報(bào)告先發(fā)給送檢者指定的有遺傳咨詢或臨床遺傳醫(yī)師資質(zhì)的專業(yè)人員,考慮國(guó)情也可同時(shí)發(fā)放給送檢者(或其法定監(jiān)護(hù)人、代理人)。

2.報(bào)告的形式及內(nèi)容:

報(bào)告的形式須簡(jiǎn)明扼要,所列內(nèi)容定義明確,結(jié)果解讀依據(jù)充分,檢測(cè)報(bào)告的適用范圍和局限性須明確說明。檢測(cè)報(bào)告應(yīng)包括如下主要方面,①一般信息:檢測(cè)單位或?qū)嶒?yàn)室信息、受檢者信息、送檢單位和醫(yī)師信息、報(bào)告出具和簽發(fā)時(shí)間等。②檢測(cè)信息及局限性:包括檢測(cè)技術(shù)的范圍、方法的說明、局限性等具體描述。對(duì)于WGS檢測(cè),應(yīng)特別說明分析所包含的變異類型,如是否包含結(jié)構(gòu)變異及線粒體變異等,以及是否采用其他方法對(duì)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。③檢測(cè)結(jié)果的報(bào)告、解讀和結(jié)論:建議報(bào)告與臨床表型相關(guān)的致病、疑似致病及意義不明變異。對(duì)于與臨床表型無關(guān)但有臨床意義的次要發(fā)現(xiàn),依情況而定是否報(bào)告。應(yīng)對(duì)檢測(cè)到的基因變異及其分類進(jìn)行解讀,包括對(duì)致病性與否進(jìn)行具體解釋,其所導(dǎo)致的相關(guān)疾病應(yīng)進(jìn)行簡(jiǎn)單解釋和說明,并給出基于變異分類的報(bào)告結(jié)論。④遺傳咨詢和建議:報(bào)告應(yīng)明確說明由具遺傳咨詢或臨床遺傳醫(yī)師資質(zhì)的專業(yè)人員進(jìn)行相應(yīng)遺傳咨詢或下一步臨床決策。可在必要時(shí)對(duì)可能的遺傳咨詢提出建議,如根據(jù)獲得的臨床信息或其他相關(guān)信息進(jìn)一步明確遺傳變異致病相關(guān)性的建議。

五、檢測(cè)后遺傳咨詢

無論何種檢測(cè)結(jié)果,均應(yīng)給予受檢方相應(yīng)的檢測(cè)后遺傳咨詢,就檢測(cè)的意義及結(jié)果進(jìn)行解釋和教育,輔導(dǎo)其進(jìn)行知情選擇,使其對(duì)所患疾病及其再發(fā)風(fēng)險(xiǎn)有所認(rèn)知和接受,并提供有關(guān)的治療、求助渠道等信息。

咨詢內(nèi)容包括是否可就檢測(cè)結(jié)果做出明確的基因診斷;是否需要針對(duì)性的輔助檢查來進(jìn)一步明確檢出變異的致病相關(guān)性,尤其是對(duì)意義不明的變異;是否需要進(jìn)一步對(duì)受檢者或家庭成員進(jìn)行檢測(cè)驗(yàn)證或排除診斷;根據(jù)基因檢測(cè)結(jié)果,是否需進(jìn)行適當(dāng)?shù)闹委煾深A(yù),調(diào)整治療方案或飲食,明確藥物禁忌等;根據(jù)做出的基因診斷對(duì)患者的病情預(yù)后發(fā)展等進(jìn)行評(píng)估,制定治療及隨訪觀察計(jì)劃、并發(fā)癥的預(yù)防干預(yù);對(duì)患者和家屬提供心理干預(yù)或社會(huì)救助資源和渠道等;根據(jù)遺傳規(guī)律對(duì)父母的再生育風(fēng)險(xiǎn)的評(píng)估及其再生育指導(dǎo),包括產(chǎn)前診斷或輔助生育計(jì)劃的方式等;患者或先證者的下一代風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估及其再生育指導(dǎo);家族內(nèi)其他家庭成員的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估;疾病的有關(guān)研究進(jìn)展信息等。需注意的是,如受檢方要求進(jìn)行產(chǎn)前診斷或輔助生殖等,則需根據(jù)相關(guān)共識(shí)或指南明確告知風(fēng)險(xiǎn),進(jìn)行相應(yīng)的指導(dǎo)或咨詢。

六、其他相關(guān)問題

1.次要發(fā)現(xiàn):

WGS的主要目的是揭示可解釋患者臨床表型的致病基因(組)變異,但在部分個(gè)體基因組中還可能檢測(cè)出與受檢指征不相關(guān)但具有重要臨床功效性(主要是指能較好預(yù)測(cè)未來發(fā)病的可能并可進(jìn)行預(yù)防性干預(yù)或治療)的基因(組)變異。當(dāng)這些變異是無意中被發(fā)現(xiàn)時(shí),曾被稱為意外發(fā)現(xiàn)。美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳及基因組專家委員會(huì)(American college of medical genetics and genomics,ACMG)建議有意識(shí)地分析這些有重要臨床意義的基因(組)變異,并將稱其為次要發(fā)現(xiàn)。ACMG建議對(duì)59個(gè)推薦的基因進(jìn)行數(shù)據(jù)分析并根據(jù)患者的選擇意愿報(bào)告其中的致病性和可能致病性變異,建議對(duì)于意義未明的相關(guān)罕見變異不進(jìn)行報(bào)告。本共識(shí)專家團(tuán)隊(duì)原則上認(rèn)可報(bào)告次要發(fā)現(xiàn)的臨床功效及意義,同時(shí)建議結(jié)合國(guó)情制定執(zhí)行層面的政策和方案。具體建議如下,(1)應(yīng)該為所有參與WGS檢測(cè)的患者(或家屬)提供有關(guān)次要發(fā)現(xiàn)的介紹,并在知情同意的情況下明確選擇是否接受報(bào)告次要發(fā)現(xiàn)。(2)ACMG推薦的59個(gè)基因可以作為分析和報(bào)告次要發(fā)現(xiàn)的主要對(duì)象,但需要在綜合考慮以下因素的情況下決定刪增基因及病種,①在中國(guó)人群中的發(fā)生頻率及外顯率;②目前醫(yī)療條件下提前干預(yù)治療或預(yù)防的可及性及有效性。(3)只對(duì)根據(jù)ACMG變異分析指南判定為致病性和可能致病性的變異進(jìn)行報(bào)告。(4)建議對(duì)報(bào)告的次要發(fā)現(xiàn)進(jìn)行跟蹤隨訪,以評(píng)估其實(shí)際的臨床功效,積累致病變異外顯率相關(guān)數(shù)據(jù)并以此為依據(jù)建立更新修改次要發(fā)現(xiàn)的報(bào)告原則、基因和疾病種數(shù)及報(bào)告內(nèi)容的機(jī)制。基于核心家系的WGS測(cè)序能發(fā)現(xiàn)父母的近親關(guān)系和非親子關(guān)系,這也屬于一種檢測(cè)的意外發(fā)現(xiàn),除非對(duì)患者的診斷治療有特別的必要性,建議不在檢測(cè)報(bào)告中體現(xiàn)這些信息。建議有遺傳咨詢資質(zhì)的專業(yè)人員在檢測(cè)后的遺傳咨詢過程中酌情處理。

2.樣本及數(shù)據(jù)的處理:

(1)樣本及數(shù)據(jù)的保存,基因檢測(cè)的樣本及數(shù)據(jù)應(yīng)由檢測(cè)機(jī)構(gòu)長(zhǎng)期保存(建議至少保存2年)。檢測(cè)機(jī)構(gòu)應(yīng)根據(jù)不同的樣本及數(shù)據(jù)類型選擇合適的保存方式。檢測(cè)機(jī)構(gòu)可以在送檢知情同意書中約定保存的年限,若超過年限則可以自行銷毀或交由委托人自己保存。數(shù)據(jù)保存的考量應(yīng)包括原始數(shù)據(jù)的可溯源性、現(xiàn)有技術(shù)(包括測(cè)序技術(shù)、遺傳變異位點(diǎn)處理技術(shù))的版本可溯源性、基于目前知識(shí)注釋解讀的可溯源性。基于數(shù)據(jù)安全考慮,要實(shí)施必要的防火墻、加密和管理;基于患者隱私考慮,個(gè)人信息、醫(yī)療記錄和WGS數(shù)據(jù)要有效地分開管理。(2)樣本及數(shù)據(jù)的調(diào)用及所有權(quán),檢測(cè)機(jī)構(gòu)應(yīng)建立樣本庫(kù)和數(shù)據(jù)庫(kù),采用二級(jí)分層(檢索庫(kù)和匿名化的主庫(kù))管理,調(diào)用樣本或數(shù)據(jù)需要設(shè)置流程并規(guī)范執(zhí)行。因?yàn)闃颖炯皵?shù)據(jù)涉及患者隱私,應(yīng)對(duì)樣本及數(shù)據(jù)調(diào)用者進(jìn)行必要的身份驗(yàn)證,即僅提供給患者本人、法定監(jiān)護(hù)人或獲得其書面授權(quán)的人員,并將調(diào)用樣本或數(shù)據(jù)的目的、時(shí)間、形式(如生物樣本的類型和數(shù)量等)、調(diào)用者信息及簽名等記錄在案。(3)數(shù)據(jù)的再分析,隨著基因組學(xué)技術(shù)的不斷發(fā)展,對(duì)基因(組)疾病的認(rèn)識(shí)也在不斷更新和深入。建議檢測(cè)單位可應(yīng)送檢者要求,根據(jù)自身情況制定相應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)操作流程,對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行重新解讀和再分析。(4)數(shù)據(jù)共享,在基因或基因組疾病科研以及臨床應(yīng)用飛速發(fā)展的大背景下,WGS數(shù)據(jù)共享是值得大力提倡、積極促進(jìn)的。目標(biāo)包括①鼓勵(lì)患者及家庭積極參與,以捐贈(zèng)形式共享自身遺傳測(cè)序數(shù)據(jù);②鼓勵(lì)科研人員、臨床醫(yī)生或醫(yī)院、檢測(cè)機(jī)構(gòu)在保護(hù)隱私、保證數(shù)據(jù)安全、符合倫理知情同意等前提條件下共享測(cè)序數(shù)據(jù);③科研成果按照行業(yè)慣例分享,形成正面良性循環(huán)。

3.研究與臨床診斷的界限:

由于WGS檢測(cè)的特殊性以及基因與疾病關(guān)聯(lián)性知識(shí)的快速更新,臨床檢測(cè)與科學(xué)研究的界限容易模糊。但鑒于檢測(cè)目的的不同以及臨床醫(yī)學(xué)的特殊性,WGS在臨床診斷和科學(xué)研究中的應(yīng)用有清晰的區(qū)別。診斷性檢測(cè)是指為了直接解決患者醫(yī)療過程中的臨床問題進(jìn)行的檢測(cè),其目的是為臨床診治提供依據(jù)和指導(dǎo),此類檢測(cè)應(yīng)由經(jīng)認(rèn)可的臨床檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室完成,并限于已知與疾病相關(guān)的基因。其分析結(jié)果可以產(chǎn)生理論假設(shè),在符合醫(yī)學(xué)倫理原則的前提下,可用作科學(xué)研究數(shù)據(jù)。

科學(xué)研究性質(zhì)的檢測(cè)是指為了探索或者證明某種科學(xué)假說而進(jìn)行的檢測(cè),其結(jié)果對(duì)于參與研究項(xiàng)目的患者可能臨床意義有限。應(yīng)該告知患者及家庭研究項(xiàng)目存在發(fā)現(xiàn)潛在遺傳病的可能性;若研究中發(fā)現(xiàn)臨床相關(guān)結(jié)果,應(yīng)該經(jīng)由診斷體系證實(shí)之后方可納入患者臨床病歷。

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